ภายหลังจาก พล.อ.ดาว์พงษ์ รัตนสุวรรณ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ (ศธ.) ประกาศเตรียมใช้อำนาจรัฐมนตรีว่าการ ศธ. ตามมาตรา 86 แห่ง พ.ร.บ.สถาบันอุดมศึกษาเอกชน พ.ศ.2546 และที่แก้ไขเพิ่มเติม สั่งควบคุมและแต่งตั้งคณะกรรมการควบคุมมหาวิทยาลัยอัสสัมชัญ หรือ ม.เอแบค ภายในสัปดาห์นี้ เพื่อแก้ปัญหาความขัดแย้งระหว่างกรรมการสภามหาวิทยาลัยเอแบคทั้งสองฝ่าย โดยคณะกรรมการควบคุมฯ มีองค์ประกอบ เช่น ผู้ทรงคุณวุฒิ ผู้แทนจากสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา (สกอ.) จำนวนไม่น้อยกว่า 5 คน แต่ไม่เกิน 15 คนนั้น

“สำนักข่าวการศึกษา สยามเอ็ดดูนิวส์” ได้รับฟังข้อห่วงใยของผู้คนในแวดวงสถาบันอุดมศึกษาเอกชนบางส่วนในทำนองว่า การที่รัฐมนตรีว่าการ ศธ.ตัดสินใจใช้อำนาจตามกฎหมายคณะกรรมการควบคุม ม.เอแบคนั้น เกรงจะส่งผลเสียหายรุนแรงกับ ม.เอแบค ซึ่งเป็นมหาวิทยาลัยเอกชนชั้นนำ เก่าแก่ และเป็นที่ยอมรับของนานาชาติ มากขึ้น เกรงว่าการเข้าไปของคณะกรรมการควบคุมฯจะยิ่งทำให้ปัญหาที่เกิดขึ้นส่งผลกระทบรุนแรง เกรงว่าอาจจะถึงขั้นที่เกิดขึ้นกับมหาวิทยาลัยอีสาน จ.ขอนแก่น ที่สุดท้ายก็ต้องเสนอเพิกถอนใบอนุญาตปิดมหาวิทยาลัยอีสานไป

“สำนักข่าวการศึกษา สยามเอ็ดดูนิวส์” ได้ตรวจสอบเรื่องราวที่เกิดขึ้นกับมหาวิทยาลัยอีสานในอดีตพบว่า ในช่วงปี พ.ศ.2554 ได้ปรากฏข่าวในสื่อมวลชนแขนงต่างๆ ว่า มีการร้องเรียนกล่าวหาว่ามีการซื้อขายใบปริญญาบัตร และประกาศนียบัตรวิชาชีพครูของมหาวิทยาลัยอีสาน

จนนำไปสู่การออกคำสั่งกระทรวงศึกษาธิการ ที่ 353/2554 โดยนายชินวรณ์ บุณยเกียรติ รัฐมนตรีว่าการ ศธ.ในขณะนั้น ได้ลงนามในคำสั่งควบคุมและแต่งตั้งคณะกรรมการควบคุมมหาวิทยาลัยอีสาน จำนวน 17 คน มีนายสมนึก พิมลเสถียร เป็นประธานกรรมการควบคุมฯ ซึ่งได้ให้เหตุผลการออกคำสั่งว่า หลังจาก ศธ.มีคำสั่งให้แต่งตั้งคณะกรรมการตรวจสอบข้อเท็จจริงแล้วพบว่า มหาวิทยาลัยอีสานจัดการศึกษาไม่เป็นไปตาม พ.ร.บ.สถาบันอุดมศึกษาเอกชน พ.ศ.2546

หลังจากนั้น มีการแต่งตั้ง ศ.เกียรติคุณ ดร.สุมนต์ สกลไชย อดีตอธิการบดีมหาวิทยาลัยขอนแก่น ซึ่งเป็นหนึ่งในกรรมการควบคุมมหาวิทยาลัยอีสานด้วย ให้ปฏิบัติหน้าที่แทนอธิการบดีมหาวิทยาลัยอีสาน

กระทั่งต่อมาเมื่อช่วงเดือนกันยายน 2555 ก็ได้รับการเปิดเผยจาก รศ.นพ.กำจร ตติยกวี ปลัด ศธ. เมื่อครั้งเป็นรองเลขาธิการคณะกรรมการการอุดมศึกษา (กกอ.) และเป็นอีกหนึ่งในคณะกรรมการควบคุมมหาวิทยาลัยอีสานว่า คณะกรรมการ กกอ.ได้ประชุมนักพิเศษเพื่อพิจารณากรณีที่คณะกรรมการควบคุมมหาวิทยาลัยอีสานเสนอให้เพิกถอนใบอนุญาตจัดตั้งมหาวิทยาลัย และคณะกรรมการ กกอ.ก็ได้มีมติเห็นชอบตามคณะกรรมการควบคุมฯที่ให้เหตุผลสำคัญเพียงว่า

“เป็นเพราะระบบการเงินการบัญชีของมหาวิทยาลัยอีสานมีปัญหามานาน และยังไม่ได้รับการแก้ไข อาทิ เรื่องทรัพย์สินบางส่วนที่ไม่สามารถตรวจสอบได้ตามระบบที่ถูกต้อง เรื่องเงินค่าเทอมที่นักศึกษาจ่ายไป ฯลฯ”

ดังนั้น คณะกรรมการควบคุม ม.อีสานจึงได้ดำเนินการตามมาตรา 91 พ.ร.บ.สถาบันอุดมศึกษาเอกชน พ.ศ.2546 เสนอคณะกรรมการ กกอ.เพื่อให้เพิกถอนใบอนุญาตจัดตั้ง ม.อีสาน และคณะกรรมการ กกอ.ก็มติเห็นชอบ

จนสุดท้ายก็นำไปสู่การลงนามในคำสั่งเพิกถอนใบอนุญาตจัดตั้งมหาวิทยาลัยอีสาน โดยนายสุชาติ ธาดาธำรงเวช รัฐมนตรีว่าการ ศธ.ในเวลานั้น โดยมีผลตั้งแต่วันที่ 31 ตุลาคม 2555